В мае 1990 г. пленум ЦК профсоюза принял решение о созыве Внеочередного съезда Профсоюза.
Август 1990г. в Москве открыл работу Внеочередной съезд Профсоюза рабочих морского и речного флота.
Съезд реформировал Профсоюз отрасли. В связи с переименованием , внесением изменений в принципы деятельности, съезд принял Устав Федеративного Независимого Профсоюза работников водного транспорта и утвердил Платформу действий Профсоюза.
Председателем Профсоюза избран К.Ю.Мацкявичюс, заместителями председателя – С.П.Коротенков, А.Г.Косовский и Н.В.Муленко.
Наряду с ростом гражданского самосознания, демократизация профсоюзной жизни фактически привела Организацию к расколу. Вместо создания стабильно функционирующего на рынке труда профсоюза, располагающего устойчивой организационной структурой, кадровым и интеллектуальным потенциалом Профсоюз получил трудно объяснимый результат: заметно снизилась уставная и финансовая дисциплина; была утрачена связь между организационными структурами; вместо стремления к улучшению качества работы профорганизаций отдельные профлидеры, избранные на руководящие должности в Профсоюзе, произвели раскольнические действия, не имеющие ничего общего с профсоюзным единством и солидарностью. Попытки под демократическими лозунгами раскачать ситуацию не были своевременно пресечены и привели к расколу: на морском транспорте Профсоюз фактически был поделен на узкоцеховые профессиональные группы работников.
В отрасли созданы Межреспубликанский профессиональный союз моряков ( председатель А.Г.Косовский) и Российский профсоюз докеров
( председатель В.В.Васильев).
23-24 марта 1991 года в Москве состоялся учредительный съезд Профсоюза работников водного транспорта РСФСР (ПРВТ).
В работе съезда самого крупного по численности и представительности Профсоюза в отрасли приняли участие: зам.председателя ФНПР В.И.Романов, председатель Федеративного Независимого Профсоюза работников водного транспорта К.Ю.Мацкявичюс, Министр морского флота Ю.М.Вольмер Первый заместитель председателя Концерна «Росречфлот» Л.Н.Рямзин, Руководитель Отдела Министерства транспорта В.Ш.Сулаберидзе, руководители предприятий отрасли , профактив.
Декларацию об образовании Профсоюза работников водного транспорта подписали полномочные представители бассейновых организаций: Амурской, Бельской, Беломорско-Онежской, Волго-Донской, Волжской, Восточно-Сибирской, Вятской, Енисейской, Западной, Иртышской, Камской, Ленской, Магаданской, Московской, Новороссийской, Обской, Северо-Каспийской, Средне-Волжской, Тиксинской, Тюменской, Коми рескомфлота.
После съезда в состав Профсоюза вошли еще 6 бассейновых организаций.
Съезд принял решение о вступлении в ФНПР.
Съезд избрал Г.Г.Старченко председателем Профсоюза и избрал заместителями председателя В.С.Анохина и В.М.Сиротюка.
19 апреля 1994г. в Москве был созван II (внеочередной) съезд ПРВТ, рассмотревший организационный вопрос.
Кроме того, делегаты обсудили вопросы, связанные с социально-экономическим положением работников водного транспорта; с проблемами профсоюзного движения на водном транспорте; заслушали доклад Контрольно-ревизионной комиссии и информацию о работе Совета профсоюза за период после учредительного съезда; внесли изменения в Устав профсоюза.
Съезд принял решение о переименовании руководящего центрального органа ПРВТ – Совета профсоюза, в Центральный комитет профсоюза (ЦК профсоюза).
Внеочередной съезд подтвердил полномочия Г.Г.Старченко в должности Председателя ЦК профсоюза до очередного съезда ПРВТ и прекратил полномочия В.С.Анохина в должности заместителя председателя Профсоюза досрочно.
Организационный пленум ЦК профсоюза, состоявшийся после съезда ПРВТ, освободил В.М.Сиротюка от должности заместителя председателя в соответствии с его заявлением.
На основании Устава Профсоюза и в соответствии с предложениями председателя Профсоюза, пленум ЦК профсоюза избрал Ю.И.Азева на должность заместителя Председателя Профсоюза; пленум ЦК профсоюза избрал В.В.Кеппа на должность секретаря ЦК профсоюза.
27 марта 1996 года в Москве был созван III съезд Профсоюза работников водного транспорта Российской Федерации.
Делегаты заслушали отчет о работе Центрального комитета профсоюза за период между съездами; отчет о деятельности Контрольно-ревизионной комиссии ПРВТ; приняли нормативные документы.
Особое внимание делегаты съезда уделили новой редакции Устава профсоюза, в связи с принятием Федерального закона «О профсоюзах, их правах и гарантиях деятельности» , которым расширены права и возможности российских профсоюзов.
В связи с истечением срока полномочий, съезд избрал Г.Г.Старченко на должность председателя Профсоюза.
Пленум ЦК профсоюза продлил полномочия на очередной срок Ю.А.Азеву, заместителю Председателя ЦК профсоюза и В.В.Кеппу, секретарю ЦК профсоюза.
27 марта 2001г. в Москве состоялся IV съезд Профсоюза.
Делегаты съезда заслушали отчетные доклады Центрального комитета профсоюза и Контрольно-ревизионной комиссии ПРВТ; утвердили нормативные документы Профсоюза, внесли изменения и дополнения в Устав и приняли программный документ: «Основные направления деятельности Профсоюза в современных условиях».
Были приняты Резолюции, заявления и обращения участников съезда.
Председателем Профсоюза вновь избран Г.Г. Старченко.
15 июля 2004 года в Москве созван V (внеочередной) съезд Профсоюза.
Делегаты съезда ПРВТ поддержали предложение по объединению, поступившее от членов Межрегионального профсоюза работников морского транспорта Новой России. Съезд избрал делегатов — полномочных представителей ПРВТ на Объединительный Съезд.
15 июля 2004 года в Москве, после завершения работы съезда ПРВТ, был проведен Объединительный Съезд профессиональных союзов, на котором было принято решение об объединении Профсоюза работников водного транспорта Российской Федерации с профсоюзными организациями Межрегионального профсоюза работников морского транспорта Новой России. В соответствии с правовым нормами объединение произошло в форме реорганизации профсоюзов и присоединения членов МПРМТ Новой России к ПРВТ РФ.
Съезд принял Обращение к членам профессиональных союзов и выборным коллегиальным органам профсоюзов, действующих на морском транспорте об объединении в единый национальный профсоюз отрасли.
